Բակտերիաների մեծամասնությունը սնվում են պատրաստի օրգանական նյութերով, դրանք բաժանվում են երկու խմբի ՝ սապրոտոֆներ և մակաբույծներ ։ Սապրոտրոֆները սնվում են մահացած օրգանիզմների հաշվին , իսկ մակաբույծները ՝ կենդանի օրգանիզմների օրգանական նյութերով ։ Մակաբույծները հիմնականում ախտածին բակտերիաներն են , որոնք տարբեր հիվանդություններ են տարածում։ Սապրոտրոֆ բակտերիաների գոյությունը շատ մեծ դեր ունի բնության մեջ , նրանք քայքայում են օրգանական նյութերը , կենդանի օրգանիզմների կենսագործունեության արգասիքները , քայքայում են նաև բույսերի և կենդանիների մնացորդները, Մի խոսքով այս բակտերիաները ազատում են բնությունը փտող մնացորդներից, նրանց այլ կերպ անվանում են բնության սանիտարներ։
Բակտերիաները նաև շատ մեծ դեր ունեն սննդի ասպարեզում ։ օրինակ՝ գինու , կոնյակի և օղու բանջարեղենի թթվային արտադրությունները կապված են թթվեցում և խմորում առաջացնող բակտերիաների հետ։ հենց այդ բակտերիաների օգնությամբ են ստանոիմ կաթից ՝ մածուն , կաթնասերից ՝ թթվասեր ․․․։